El chile habanero proviene de las tierras bajas de la cuenca Amazónica y de ahí se dispersó a Perú durante la época prehispánica. La distribución también se dirigió hacia la cuenca del Orinoco (ubicada actualmente en territorios de Colombia y Venezuela) hacia Guyana, Surinam, la Guyana Francesa y las Antillas del Caribe.

Se ha sugerido que la introducción prehispánica del chile habanero en el Caribe se debió a migraciones indígenas de agricultores y alfareros procedentes de Sudamérica, pertenecientes a grupos arahuacos (originarios de Puerto Rico), quienes viajaron por las Antillas menores hasta llegar a Puerto Rico, La Española (República Dominicana y Haití), Jamaica y Cuba, entre los años 250 d. C. y 1000 d. C.

Por otro lado, algunos estudios con ADN señalan que en Puerto Rico y República Dominicana, las migraciones precolombinas de indígenas procedentes del Amazonas, corresponderían a las tribus de yanomamos y crajos, que aún hoy en día continúan habitando en las regiones del Amazonas y del Orinoco.

La llegada del chile habanero a Yucatán

¿Cómo y cuándo hizo su aparición el chile habanero en Yucatán y por qué le dieron este nombre? Es difícil responder estas preguntas debido a la falta de registros arqueológicos o fuentes escritas.

La llegada del C. chinense a la península de Yucatán antes de la conquista europea es poco probable; sin embargo, investigaciones recientes reportan evidencia del contacto precolombino vía marítima, entre los tainos (aborígenes de Puerto Rico) y los mayas del periodo clásico.

Otra teoría de la incursión temprana del chile habanero a Yucatán señala que pudo haber sido por vía terrestre a través de nexos comerciales, pues a la llegada de Colón a las Antillas en 1492, los tainos –descendientes de los arahuacos– ya consumían ají (chile), según lo señala dicho personaje en las notas de su primer viaje a América.

En el siglo XVI, Diego de Landa reporta el consumo del chile entre los mayas:

…Que también tuestan el maíz, lo muelen y deslíen en agua, que es muy fresca bebida, echándole un poco de pimienta de indias (chile) o cacao. Por la mañana toman la bebida caliente con pimienta (chile), como está dicho, y entre día, las otras (bebidas) frías, y a la noche los guisados; y que si no hay carne, hacen sus salsas de la pimienta (chile) y legumbres”.

Si bien el testimonio no especifica de qué variedad de chile se trata, deja claro su consumo tradicional. Pero a falta de una evidencia tangible sobre la introducción prehispánica del chile habanero a la península de Yucatán, se ha planteado otra hipótesis que apoya su llegada posterior a la conquista. Al respecto, se argumenta la prueba lingüística de que no existe un término en lengua maya para identificar el chile habanero, como los hay para otros chiles de la zona como el xcat-ik, yaax-ik, chawa-ik, maax-ik y otros. De aquí se desprende la creencia más extendida de que tanto el fruto como el nombre provengan de los comerciantes españoles que lo trajeron a la península desde Cuba en épocas más recientes.